Univerzitet u Zenici formiran je 18. oktobra 2000. godine Odlukom Skupštine Zeničko-dobojskog kantona.

Javna ustanova Univerzitet u Zenici organizovana je i radi kao jedinstven pravni subjekt koji u svom sastavu kao organizacijske jedinice ima fakultete, institute i centre. U sastavu fakulteta nalaze se matične katedre koje su jedinstvene za čitav univerzitet čime je izbjegnuta naučna dvojnost i obezbjeđena naučna matičnost saglasno Frascatijevim kriterijumima, UNESCO-vim i UNIDO-ovim preporukama.

Savremena i dinamična organizacijska struktura prepoznaje i postojanje instituta u sastavu fakulteta (npr. Institut za mašinstvo na MF ili Ekonomski institut na EF), centara u sastavu Univerziteta ili fakulteta (npr. Centar za inovativnost i preduzetništvo, Centar za interreligijske studije na UNZE ili pak Centar za menadžment, kvalitet i razvoj na MF). U realizaciji naučno-nastavnog i naučnoistraživačkog procesa značajno mjesto zauzimaju integrisane katedre koje su osnovna i polazna jednica za izbore u zvanja, naučna i stručna napredovanja, realizaciju ključnih procesa sa fakultetima i Univerzitetu i dr.

1. Metalurško-tehnološki fakultet (do 12.05.2017. godine Fakultet za metalurgiju i materijale)
2. Mašinski fakultet
3. Filozofski fakultet
4. Ekonomski fakultet
5. Pravni fakultet
6. Medicinski fakultet
7. Politehnički fakultet
8. Institut „Kemal Kapetanović“ (do 18.07.2017. godine Metalurški institut „Kemal Kapetanović“)
9. Studentski centar
10. Islamski pedagoški fakultet (pridružena članica)